Khi bắt đầu sự tham gia của Hoa Kỳ trong Thế chiến thứ nhất, Tổng thống Woodrow Wilson xem xét huy động một đội quân tham gia cuộc chiến. Frederick Funston, cấp trên của Pershing ở Mexico, đang được xem xét cho vị trí Tư lệnh Lực lượng viễn chinh Mỹ (AEF) tuy nhiên ông qua đời đột ngột vì đau tim vào ngày 19 tháng 2 năm 1917. Pershing là ứng cử viên thay thế Funston. Ông được chính thức bổ nhiệm vào ngày 10 tháng 5 năm 1917, và giữ chức vụ này cho đến năm 1918. Vào ngày 6 tháng 10 năm 1917, Pershing được thăng trung tướng ba sao. Với tư cách là chỉ huy của AEF, Pershing chịu trách nhiệm tổ chức, huấn luyện và phát triển một lực lượng quân đội chuyên nghiệp đã từ 27.000 binh sĩ thiếu kinh nghiệm đến khi chiến tranh kết thúc, tổng cộng hơn hai triệu binh sĩ.

Pershing toàn quyền kiểm soát lực lượng của mình, với sự ủng hộ đầy quyền lực từ Tổng thống Woodrow Wilson và Bộ trưởng Chiến tranh Newton D. Baker. Baker Đổi lại, Pershing đã thực hiện một cách cẩn thận đặc quyền của mình, không tham gia vào chính trị hay tranh chấp về chính sách của chính phủ có thể khiến ông mất tập trung vào nhiệm vụ của mình.

George Marshall là một trong những trợ lý hàng đầu của Pershing trong và sau chiến tranh. Trưởng trợ lý của Pershing là James Harbord làm trợ lý cho Pershing trong nhiều năm và vẫn cực kỳ trung thành với ông. Sau khi khởi hành từ Fort Jay tại đảo Governors ở New York, dưới sự bảo mật hàng đầu vào tháng 5 năm 1917, Pershing đến Pháp vào tháng 6 năm 1917.

Trận Hamel

Lần đầu tiên trong lịch sử nước Mỹ, Pershing cho phép binh sĩ Mỹ chịu sự chỉ huy của một cường quốc nước ngoài. Vào cuối tháng 6, Tướng Rawlinson, chỉ huy Quân đội số 4 của Anh, đề nghị với Trung tướng Úc John Monash rằng sự tham gia của Mỹ trong một cuộc tấn công tổng hợp cùng những người Úc giàu kinh nghiệm trong trận Hamel sắp tới sẽ mang lại cho quân đội Mỹ kinh nghiệm và tăng cường sức tấn công.

Vào ngày 29 tháng 6 năm 2017, Tướng Bell, chỉ huy Sư Đoàn 33 của Mỹ, đã chọn hai đơn vị từ các trung đoàn 131 và 132 của lữ đoàn 66. Monash đã được hứa hẹn với sự tham gia của mười đơn vị quân đội Mỹ và vào ngày 30 tháng 6, các đơn vị còn lại của các tiểu đoàn 1 và 2 của trung đoàn 131 đã được gửi đi.

Một ngày trước khi cuộc tấn công bắt đầu, Pershing đã đọc được kế hoạch và ra lệnh rút 6 đơn vị lính Mỹ. Trong khi một vài lính Mỹ, gắn bó với Tiểu đoàn 42, không vâng theo mệnh lệnh, phần lớn, mặc dù thất vọng đã chấp nhận lùi lại. Điều này có nghĩa là các tiểu đoàn phải sắp xếp lại các đội hình tấn công và làm giảm nghiêm trọng quy mô của lực lượng Đồng minh. Ví dụ, Lữ đoàn 11 hiện đang tấn công với 2.200 người thay vì 3.000 người. Có một cuộc gọi vào phút chót để rút tất cả quân đội Mỹ khỏi cuộc tấn công, nhưng Tướng Monash, phản đối Rawlinson và nhận được sự ủng hộ từ Nguyên soái Douglas Haig, chỉ huy lực lượng viễn chinh Anh. Bốn đơn vị quân đội Mỹ đã gia nhập với người Úc trong cuộc tấn công đã bị rút khỏi trận chiến và trở về trung đoàn của họ, có được kinh nghiệm quý báu. Monash gửi Bell lời cảm ơn cá nhân của mình, ca ngợi sự dũng cảm của người Mỹ, trong khi Pershing đưa ra những chỉ dẫn rõ ràng để đảm bảo rằng quân đội Mỹ sẽ không được sử dụng một cách tương tự nữa.

Đơn vị người Mỹ gốc Phi

Dưới sự kiểm soát với quân đội, Pershing tôn trọng các chính sách chủng tộc của Tổng thống Woodrow Wilson, Bộ trưởng Chiến tranh Newton D. Baker, và đảng Dân chủ, đã thúc đẩy học thuyết "riêng biệt nhưng bình đẳng". Các đơn vị người Mỹ gốc Phi "Buffalo Soldiers" không được phép tham gia Lực lượng viễn chinh Mỹ (AEF) trong Thế chiến thứ nhất, nhưng các sĩ quan chưa có kinh nghiệm đã được giao cho các đơn vị người da đen khác để phục vụ chiến đấu - như Tiểu đoàn Kỹ sư 317. Những người lính da đen của Sư Đoàn 92 và 93 là những người lính Mỹ đầu tiên chiến đấu ở Pháp vào năm 1918 dưới sự chỉ huy của Pháp khi Pershing tách họ ra khỏi AEF. Hầu hết các trung đoàn của 92 và tất cả các 93 sẽ tiếp tục chiến đấu dưới sự chỉ huy của Pháp trong thời gian chiến tranh.